CRISPR-Cas9系統用于lncRNA基因的高通量功能篩選

【背景】

CRISPR-Cas9系統的sgRNA可以對編碼基因進行有效的編輯,同時sgRNA文庫的建立也可以實現基因組的大規模篩選。但是對于非編碼基因來說,sgRNA造成的插入/刪除并不會產生功能缺失的現象,很難判定非編碼基因的功能。采用paired sgRNAs(psgRNAs)策略對非編碼基因進行編輯,可在同一基因中造成兩處斷裂,形成大片段的缺失,從而影響表型改變。

【方法】

使用慢病毒載體構建了psgRNA文庫,對人源肝癌細胞系Huh7.5OC進行基因組的700個lncRNA和另外5種癌癥細胞進行敲除。NGS測序的方法檢測基因編輯情況,并對功能缺失的細胞系進行篩選,探究lncRNA基因對癌癥細胞生長的影響。

6對 sgRNAs的位點設計

【結論】

  1. 人源肝癌細胞系Huh7.5OC篩選出51個lncRNA基因能夠促進或者抑制腫瘤的生長,并發現部分基因會對多種癌癥生長造成影響;
  2. paired sgRNAs篩選策略可以廣泛的應用于哺乳動物所有的非編碼RNA包括microRNA、cis元素和其他未分類元素等(圖3)。
  3. 6對 sgRNAs的 knock-out效率

CRISPR-Cas9服務訂購

  1. Email:請將您的詳細需求發送到[email protected]
  2. 電話訂購:您可以直接撥打免費熱線4000-973-630轉803聯系我們經驗豐富的工程師
  3. QQ咨詢:任何技術問題均可與我們在線互動,泓迅科技官方企業QQ:4000-973-630
  4. 關注泓迅科技微信公眾號:szhxswkj;按照“姓名+學校/公司名稱+聯系方式”給我們留言,即可免費獲取“CRISPR-Cas9基因編輯技術應用手冊”。

參考文獻
Zhu, S., et al., Genome-scale deletion screening of human long non-coding RNAs using a paired-guide RNA CRISPR-Cas9 library. Nat Biotechnol, 2016.34(12): p. 1279-1286.